Монастырь был основан в 1352 году суздальско-нижегородским князем Борисом Константиновичем. Первым игуменом обители стал преподобный Евфимий, принадлежавший к кругу духовных собеседников Сергия Радонежского. После канонизации Евфимия (1549) монастырь стал известен как Спасо-Евфимиев. Объект Всемирного культурного наследия ЮНЕСКО.

Главный храм Спасо-Евфимиева монастыря — Спасо-Преображенский собор — построен в XVI веке в традициях древней белокаменной архитектуры Суздаля.

В 1766 году в монастыре открылась «тюрьма для безумствующих колодников», просуществовавшая до 1905 года. Был монастырь тюрьмой и в советское время. Закрытый в 1923 году, монастырь поступил в ведение ОГПУ и превратился в политизолятор. В 1940-1941 годах политизолятор сменил лагерь для военнопленных 1943-1946 годов. После войны в монастыре открылась детская колония — сначала мужская, затем женская.

Аптекарский огород суздальского Спасо-Евфимиева монастыря уже в XVIII столетии имел обширное садовое хозяйство. В послушание монахов входило выращивание трав, использовавшихся для приготовления лекарств, квасов и лечебных ароматных чаёв.

Сегодня этот огород восстановлен и дополнен новыми видами лекарственных растений. Сохранена старинная крестообразная планировка. Делянки размером 3x3 м ежегодно сплошь засеваются лекарственными растениями.

В настоящее время на территории монастыря располагается музейный комплекс.